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庙坐北朝南，占地万余平方米。中轴线上有山门、献殿、正殿，两侧为东西厢房。献殿面宽五间，进深二间。单檐硬山顶。正殿面宽三间，进深二间，单檐硬山顶。正殿及两侧耳室内塑扁鹊、十大名医及侍从彩塑20尊，为明代佳作。
扁鹊是我国春秋战国时期的一位最杰出的中医药学家。他仁爱至诚，普济众生，是我国医道医德的万世师表。他发明四诊“望、闻、问、切”，奠定了针灸疗法的基础。由他所著医学《难经》有关切脉的论述，在世界多个国家已被写入医学教科书。
现扁鹊庙分为庙区、墓区及中间中草药种植基地。扁鹊庙区现有建筑：山门、东西廊房、扁鹊献殿、扁鹊正殿、药王台、扁鹊祠、观音殿、财神殿。
